天子下诏，以平定司马元显之功封桓玄为豫章公，又以平定殷仲堪、杨佺期有功加封桓玄桂阳公，原本的南郡公依旧保持。桓玄将豫章公转给儿子桓升，桂阳公让给桓伟之子桓俊。

        八月，孙无终于山阳击败刘轨、司马休之、高雅之等人的联军，刘轨等人逃走，逃至陈留时众人商议投奔何处。

        起初，众人有意投奔北魏，后听闻崔逞被杀之事，觉得魏主不能优待士族，决意另投他处。

        刘敬宣提议投奔雍州杨安玄，刘轨称杨安玄与桓玄势不两立，桓玄随时可能兴军讨伐雍州，以雍州之力难以抗抵。

        最终，刘轨、司马休之、高雅之、刘敬宣等人决定投奔南燕，而袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等北府将领则投奔后秦。众人相约将来若能得势，定率军南伐雪耻。

        刘轨等人虽然败逃，桓玄感觉北府军终究是个心病。普通兵丁听从将领指挥，要想将北府军掌握在自己手中，但要除去北府旧将。

        于是，桓玄以私通刘轨等人罪名诛杀吴兴太守高素、辅国将军竺谦之，高平相竺良之、辅国将军刘袭及其弟彭城人史刘季武等人。

        建康士族对桓玄杀死北府旧将的反应平淡，自王恭兴军始，北府军就被建康士族视为麻烦。

        得知桓玄对北府军将领举起屠刀，江都长张诞等人纷纷弃官叛逃，丁全、黄喜四处找寻北府逃将，张诞等人有不少投入到雍州军中，充实了雍州的军事、民政力量。

        击败卢循后，刘裕回到京口，他是被右将军桓修征召为抚军中兵参军。对于桓玄诛杀北府旧将，刘裕不敢做声，暗自神伤。刘牢之死后，北府军有如一盘散沙，如何对抗桓玄。

        未被诛杀的北府旧人个个惶恐不安，暗中找到刘裕商议。何无忌是刘牢之的外甥，刘牢之身死之后被桓玄禁锢，闲居家中；孟昶，镇北府主簿，罢黜在家。

        刘裕让众人暂且隐忍，找寻门路再起，等待时机。随着北府旧将或死或走，刘裕无形中成为了北府军新一代的领军人物。

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